Le microbiote : ce que la recherche décrit, et ce qu'une étiquette peut dire

L'Inserm consacre un dossier au microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale. Il y décrit un écosystème de plusieurs centaines d'espèces microbiennes, majoritairement bactériennes, installé principalement dans l'intestin grêle et le côlon, dont la composition est propre à chaque individu et évolue avec l'âge, l'alimentation et les traitements.

L'Anses a publié de son côté deux rapports d'expertise directement pertinents : l'un sur les effets des pré et probiotiques, l'autre sur la flore intestinale elle-même. Ce sont des documents d'expertise collective, rédigés pour être lus, et ils sont liés en fin de dossier plutôt que résumés en une phrase qui les trahirait.

Ce site n'est pas qualifié pour ajouter quoi que ce soit à ces documents, ni pour en tirer une conséquence individuelle. La distinction est nette : rapporter ce qu'une institution publie est du reportage, en déduire ce qu'une personne devrait manger ne l'est plus.

Deux définitions valent d'être posées parce qu'elles sont constamment confondues. Un probiotique est un micro-organisme vivant ; un prébiotique est un substrat, le plus souvent une fibre fermentescible, qui n'est pas vivant du tout.

Le règlement européen sur les allégations soumet toute affirmation reliant un aliment à un effet sur la santé à une évaluation scientifique préalable, et la liste des allégations autorisées est fixée par un règlement de 2012.

Le mot « probiotique » a lui-même posé problème dans ce cadre, parce qu'employé sur un emballage il suggère un bénéfice, ce qui en fait une allégation de santé au sens du texte et non une simple désignation d'ingrédient. C'est la raison pour laquelle il a longtemps disparu des emballages européens, alors qu'il reste courant dans le langage ordinaire.

Le registre européen des allégations permet de vérifier cas par cas ce qui est autorisé, refusé, ou en attente. Il est public et consultable en ligne, et c'est le seul moyen fiable de trancher une question de ce genre.

Ce site n'écrit aucune allégation, autorisée ou non. Il dit ce qu'un aliment contient et comment il a été fabriqué, ce qui ne relève pas de ce règlement.

Soixante-quinze recettes sur 878 contiennent au moins un aliment issu d'une fermentation, soit 8,5 pour cent, en comptant les yaourts, les ferments de soja, les boissons fermentées et la choucroute.

Le détail par famille montre où la fermentation est réellement présente. Les ferments de soja, c'est-à-dire le miso, le tempeh, la sauce soja, le kecap manis et le doubanjiang, apparaissent dans 47 recettes. Les yaourts, dans 21. Les ferments de boisson, kombucha et ginger bug, dans 5. La choucroute, dans 2.

Ce décompte est volontairement étroit. En élargissant, la moitié du répertoire y entrerait : la levure de boulanger est présente dans 33 recettes, la sauce soja seule dans 48, le vinaigre dans 82, les olives dans 22, les fromages affinés dans 107. Le pain, le vin, le vinaigre, le fromage et la charcuterie sèche sont tous des produits de fermentation.

Une distinction technique compte davantage que le décompte : un aliment fermenté n'est pas nécessairement un aliment vivant. Un pain au levain a été fermenté puis cuit à cœur, un miso pasteurisé ne contient plus de micro-organismes actifs, un fromage affiné en contient. La cuisson, la pasteurisation et le temps décident, et c'est une propriété du produit précis, pas de sa catégorie.

Les prébiotiques sont des fibres, et les fibres sont une colonne que ce site mesure. C'est le seul point de contact chiffré entre ce dossier et le catalogue, et il vaut la peine d'être donné précisément.

La médiane du catalogue est de 3,9 g de fibres par portion. Les 81 recettes contenant une légumineuse sèche ont une médiane de 14,2 g, soit plus de trois fois plus. Aucune autre famille d'ingrédients n'approche ce rapport : les recettes contenant de la viande sont à 4,3 g, celles contenant du fromage à 4,2 g, celles contenant un œuf à 3,1 g.

Toutes les fibres ne sont pas fermentescibles au même degré, et ce site ne les distingue pas, parce que la table de composition ne le fait pas non plus : elle publie une ligne « fibres alimentaires » et pas une répartition par fermentescibilité.

Quelques fibres reconnues comme prébiotiques sont documentées molécule par molécule dans le répertoire, notamment l'inuline, les bêta-glucanes et la pectine. Leur fiche dit ce qu'elles font dans l'aliment, ce qui est le registre de ce site.

La fermentation est d'abord une transformation de l'aliment, et c'est à ce titre que ce site en parle. Des micro-organismes consomment un substrat et produisent des acides, de l'alcool, du gaz, des arômes et des enzymes, et le produit final ne ressemble plus au produit de départ.

Trois effets sont directement mesurables dans la matière. L'acidification, qui abaisse le pH et conserve : c'est la choucroute, le yaourt, le pain au levain. La protéolyse, qui découpe les protéines en fragments et en acides aminés libres, source de l'umami d'un miso ou d'un fromage affiné. Et la dégradation de certains composés du végétal de départ, dont l'acide phytique des céréales et des légumineuses, que des phytases microbiennes hydrolysent pendant une fermentation longue.

Ce dernier point est traité en détail ailleurs, parce qu'il touche à l'absorption des minéraux et que le dossier consacré à l'assimilation des nutriments s'en occupe, avec ses sources.

Le site consacre par ailleurs deux dossiers entiers aux produits eux-mêmes, l'un aux boissons fermentées, l'autre aux pâtes levées, et les deux décrivent le procédé et ses variables plutôt que ses effets supposés sur qui les consomme.

Il ne dira pas qu'un aliment fermenté agit sur le microbiote d'une personne. C'est exactement le type d'affirmation que le règlement européen soumet à évaluation, et ce site n'a rien à évaluer.

Il ne recommandera aucun produit, aucune souche, aucun complément. Les documents d'expertise de l'Anses sur les pré et probiotiques existent, ils sont liés ci-dessous, et ils sont écrits par des gens dont c'est le métier.

Il ne comptera pas les micro-organismes d'une recette. Une table de composition ne les contient pas, et leur nombre dans un produit dépend de la souche, de la durée, de la température et du temps écoulé depuis la fabrication, dont aucune n'est écrite dans une recette.

Ce qu'il fait tient en trois choses : il nomme les définitions que tout le monde confond, il compte les aliments fermentés d'un catalogue de 878 recettes, et il décrit ce que la fermentation fait à la matière. Le reste est dans les documents cités.